针对环境民事公益诉讼案件原告主体资格，意见明确为符合条件的环境公益组织或者检察机关。关于管辖法院，除按最高人民法院规定的管辖外，意见提出根据环境和生态保护的实际情况，鼓励探索环境民事公益诉讼跨行政区划集中管辖，实行集中管辖的法院原则上应设有专门的环境资源审判庭。
意见还提出探索设立环境民事公益诉讼专项基金账户，鼓励在法律以及国家政策框架范围内，探索适合本地区环境民事公益诉讼发展的资金运作模式。
意见指出，对于判决被告自行组织修复生态环境的，可以商请环境保护主管部门与修复主体共同组织修复生态环境，对生态环境损害修复结果，也可以商请环境保护主管部门协助审查。
